大師は俗姓を木津氏といって１２歳の時、比叡山に登り出家し、法名を良源（りょうげん）と称した。９６６年（康保３年）１８代天台座主となり叡山中興の祖とあがめられた。９９５（永観３年）年世寿７４歳で遷化（せんげ）され、慈恵大師と申し上げる。大師は生前より密教の行法を深く修め、多くの神秘奇跡の多かったところから、俗間の信仰をあつめている。
当山安置の大師像は大師の４２歳のとき、比叡山解脱谷（げだつだに）においてこの世の人々の厄難苦悩をあわれみ、能化世間苦(のうくせけんく)の秘法を感得したまい、大師は如意輪観世音（にょいりんかんぜおん）のご化身といわれている。
朱雀（すじゃく）天皇の９４４年（天慶７年年３月、奈良の僧宥尊（ゆうそん）上人が開いた寺で、最初は日本の仏教で最も古い南都六宗の法相宗に属し、正しくは春日岡山転法輪院惣宗官寺（かすがおかやまてんぼうりんいんそうしゅうかんじ）という。
藤原秀郷公が平将門降伏の誓願により、佐野の春日岡（現在の城山公園）の地に、春日明神の社殿とともにお寺を建て朱雀天皇に申し上げたところ、天皇は大変喜ばれ「春日岡山惣宗官寺」の勅額を賜ったといわれている。
それ以来、藤原一門の信仰あつく栄えたが、平安時代の末期の保元・平治のころには衰えた。
その後比叡山の僧で俊海という人が、父の藤原光憲から「春日岡は、わが祖父である秀郷公の創立した氏寺である。昔、保元・平治の乱に殿堂が焼けて灰になったが、父の志を継ぎ修行の後にこの山を復興せよ。」このことを深く心にとどめ、この寺の荒れ果てたことを憂い、正応年間（鎌倉時代）に信徒を集めて、藤原一族および北条一門の有志とはかり、鎌倉幕府九代執権北条貞時をさとして、１２９７年（永仁５年）年８月に復興完成し、これ以後「法華経」を所依の経典とし、伝教大師を宗祖と仰ぐ天台宗となる。
その後１２世の僧豪海のときに１６０２年（慶長７年）年、秀郷公から３０代の佐野信吉公が、幕命により唐沢城をこの春日岡（城山公園）に移すにあたり、寺は現在地に移転した。
厄除元三慈恵大師一千年御遠忌を記念して建立された金銅大梵鐘は人間国宝香取正彦先生によって謹製され、日本一大きな梵鐘（つりがね）で、直径１.１５メートル、重量約２トン、黒塗りの切妻造りの鐘楼におさめられている。
